每當水蒸氣與寒冷的內表面接觸時，超低溫冰箱上就會積霜。關閉內門會結霜，如果結霜甚至結冰，甚至結成外門，結霜也會阻塞。霜會在每個超低溫冰箱中積聚，這僅僅是存在濕度時溫度極低的表面的特性。
好的冷凍機中包括一些功能，可減少霜的積累。例如，爪式閂鎖可將鉸鏈壓緊在墊圈上，或固定冷凍室內門。低功率光環旁路加熱器可保持外門周圍的墊圈清潔。通過內門和外門的隔熱層來盡可能保持溫度。
針對環境開發的大多數超低溫冰箱的zui高環境空氣溫度為32°C，zui高濕度為80％。傳統上，超低溫冰箱使用風冷冷凝器，因此，如果環境溫度很高，則會降低冷卻效率。
切勿將超低溫冰箱放置在沒有足夠通風的封閉區域，或暴露于直射陽光下的區域。如果將冷凍柜放置在封閉區域內的距離小于10厘米，則可能需要水冷冷凝器。
超低溫冰箱的主要問題是制冷劑中積冰或積油。在1980年代中期，幾乎所有的超低溫冰箱都存在這個問題，因為石蠟基蠟基油在毛細管中趨于固化。但是，無蠟合成油消除了這個問題，但是其他原因仍然可以促進毛細管中冰的形成。
為了解決注油問題，在毛細管內使用加熱器，以防止油變得過冷。為了清除積冰，從而減少因油浸引起的維護停機時間，可以讓油流過系統外部的分離器。
